方宣钧博士的学术生涯起始于1990年担任北京农业大学讲师，在那里主讲《农学概论》并编写出版了《水稻栽培技术》。1994年在中国农科院原子能利用研究所生物技术研究室完成博士学位论文关于固氮菌的生化化学与分子遗传学研究。在1995－1997年间在香港大学分子群体遗传实验室利用等位酶标记和RAPD标记开展植物遗传多样性研究。

    1995年方宣钧博士加入到中国农业科学院生物技术研究中心，开始进行大豆分子标记遗传学研究，先后与大豆育种家刘学义研究员、杜维广研究员合作，建立了一系列“一粒传”大豆遗传群体用作大豆功能基因组学与分子育种研究的材料平台，构建了高饱和的SSR分子遗传连锁图；用比较功能基因组学手段精细定位了大豆胞囊线虫抗性主基因及其相关基因，建立了复杂基因组功能基因图位克隆的技术平台。

    2001年底，方宣钧博士全职进入海南省热带农业资源研究所，并开始水稻功能基因和分子育种的研究，与已故著名水稻育种家杨仁崔教授合作，克隆了被称为“杂交水稻第四遗传要素”的基因EUI基因，论文发表在《Plant Molecular Biology》；以水稻品质改良为案例，建立了基于基因组学的“基因组区间定向选择（GITS）”的分子育种新方法。

    自2000以来，方宣钧博士开始棉花纤维发育的遗传和抗病分子机制研究。在棉花纤维发育的遗传研究方面，与法国CIRAD的Mac Giband博士合作，对棉纤维的遗传控制机理有了深刻的认识。2001年-2007年间，方宣钧博士与中国农科院棉花专家戴小枫博士、简桂良研究员合作，开展棉花抗病的分子机理的研究。鉴定了与抗病相关的RGA基因，并定位在美国A. Paterson教授的棉花分子遗传图谱上。

    2005年方宣钧博士组织实施了《中国Bt资源收集鉴定项目》，在全国范围内开始收集土壤样本，分离Bacillus菌株，鉴定Bt菌株，以期建立20万份土样收集库，10万份Bacillus分离株、1万份Bt分离株。迄今为止，已经完成海南岛原始热带雨林、广西亚热带自然保护区、东北小兴安岭等地区的土样采集，形成了一个拥有3万余份芽孢杆菌分离物的菌株库，鉴定出Bt菌株3千份；对450株Bt菌在晶体的形态特征，SDS-PAGE蛋白谱，质粒谱，cry基因型和生物测定等进行了系统的研究，其中S2160-1，S2480-1，S2096-2，S3299-1和W015-1被推荐作为新的模式菌株，完成具有对鳞翅目、双翅目、线虫等杀虫活性的15个Bt菌的全基因组测序，公开释放10余个克隆的毒蛋白模式基因。

    作为一名学者，方宣钧博士致力于科学与文化的传播和学术平台的建立。1999年编写出版了《作物DNA标记辅助育种》著作，这是国内广泛发行和流传的植物分子育种的重要著作；2000年建立了中国国内第一个省部级《农作物分子育种重点实验室》；自2001年开始直至2011年，每年开办一期《分子育种培训班》；2005年和2007年发起主办了第一、第二届国际植物分子育种大会；2003年创办了国内外具有影响的学术期刊《分子植物育种》，2009年创办了《基因组学与应用生物学》；2010年在线出版《分子植物育种》及《Molecular Plant Breeding》刊物。自1995年以来，参加各种国际学术会议30余次，应邀在加拿大University of Saskachewan（2004年12月）植物科学系和美国University of California Davis（2014年1月）植物科学系访问并作学术演讲。